L'Institut Barraquer compte des de l'any de la seva fundació amb una publicació periòdica pròpia:

• Entre 1947 i 1959, l'Institut va publicar els Estudis i informacions oftalmològiques.
• A partir de 1959, aquesta publicació va ser substituïda pels Annals de l'Institut Barraquer, una revista d'oftalmologia general de gran prestigi, que amb una periodicitat trimestral repassa els diferents temes d'interès i actualitat.

Entre els volums que ha publicat l'Institut destaquen:

• Facoéresis (1952).
• Extracció intracapsular del cristal·lí (1962). Joaquim Barraquer.
• Cirurgia del segment anterior de l'ull. Volum 1 (1964). Joaquim Barraquer, Joaquín Rutllan.
  Edicions en espanyol, anglès i alemany.
• Cirurgia del segment anterior de l'ull. Volum 2 (1969). Joaquim Barraquer, Joaquín Rutllan.
  Edicions en espanyol, anglès i alemany.
• Els melanomes uveals. Histologia i clínica. (1982) Alfredo Muiños, Rafael I. Barraquer, Sergio Bonafonte.
• Cirurgia del vitri. (1982) Alfredo Muiños, Sergio Bonafonte, Emilio Iglesias.
• Atles de microcirurgia de la còrnia. (1982) Joaquim Barraquer, Joaquín Rutllan.
• Microsurgery of the còrnia. Atles and Textbook. (1984) Joaquim Barraquer, Joaquín Rutllan.
  Edicions en anglès i alemany.
• Microcirurgia dels glaucomes. (1997) Joaquim Barraquer, Rafael I. Barraquer, M ª Isabel Canut, Ignacio García Barberán, Emilio Iglesias Touriño, Marinka Kargachin-Barraquer, Muhsen Samaan.
  Edicions en espanyol i anglès.
• Imatges diagnòstiques en oftalmologia. (1998) Rafael I. Barraquer, Andrés J. Dukes, Arnaldo Espaillat, Gorka Martínez Grau.
• 50 anys de microcirurgia ocular. Volum I, II i III. (2009-2011). Joaquim Barraquer.
  
  Més informació>> 50 anys de microcirurgia ocular

En format multimèdia, l'Institut Barraquer ha editat:

• Microcirurgia dels glaucomes (1996). Joaquim Barraquer.
  Obra en format CD-ROM, amb tecnologia multimèdia, text bilingüe (espanyol-anglès).
  Va obtenir el Premi Möbius (Barcelona 1997) al millor CD-ROM científic tècnic.