El Instituto Barraquer cuenta desde el año de su fundación con una publicación periódica propia:

• Entre 1947 y 1959, el Instituto publicó los Estudios e informaciones oftalmológicas.
• A partir de 1959, esta publicación fue sustituida por los Anales del Instituto Barraquer, una revista de oftalmología general de gran prestigio, que con una periodicidad trimestral repasa los diferentes temas de interés y actualidad.

Entre los volúmenes que ha publicado el Instituto destacan:

• Facoéresis (1952).
• Extracción intracapsular del cristalino (1962). Joaquín Barraquer.
• Cirugía del segmento anterior del ojo. Volumen 1 (1964). Joaquín Barraquer, Joaquín Rutllán.
  Ediciones en español, inglés y alemán.
• Cirugía del segmento anterior del ojo. Volumen 2 (1969). Joaquín Barraquer, Joaquín Rutllán.
  Ediciones en español, inglés y alemán.
• Los melanomas uveales. Histología y clínica. (1982) Alfredo Muiños, Rafael I. Barraquer, Sergio Bonafonte.
• Cirugía del vítreo. (1982) Alfredo Muiños, Sergio Bonafonte, Emilio Iglesias.
• Atlas de microcirugía de la córnea. (1982) Joaquín Barraquer, Joaquín Rutllán.
• Microsurgery of the cornea. Atlas and textbook. (1984) Joaquín Barraquer, Joaquín Rutllán.
  Ediciones en inglés y alemán.
• Microcirugía de los glaucomas. (1997) Joaquín Barraquer, Rafael I. Barraquer, Mª Isabel Canut, Ignacio García Barberán, Emilio Iglesias Touriño, Marinka Kargachin-Barraquer, Muhsen Samaan.
  Ediciones en español e inglés.
• Imágenes diagnósticas en oftalmología. (1998) Rafael I. Barraquer, Andrés J. Dukes, Arnaldo Espaillat, Gorka Martínez Grau.
• 50 años de microcirugía ocular. Volumen I, II y III. (2009-2011). Joaquín Barraquer.
  
  Más información >> 50 años de microcirugía ocular

En formato multimedia, el Instituto Barraquer ha editado:

• Microcirugía de los glaucomas (1996). Joaquín Barraquer.
  Obra en formato CD-ROM, con tecnología multimedia, texto bilingüe (español-inglés).
  Obtuvo el Premio Möbius (Barcelona 1997) al mejor CD-ROM científico técnico.